Избранные перлы:

chop(my @lines = `/usr/bin/cat $processingDir/$file `);

while( my @result = $select_handle->fetchrow_array() )
{
}

да, тело цикла пустое. нет, я не знаю, зачем. Результат запроса проверяется потом так:

if($select_handle->rows == 0)

А это вообще просто праздник какой-то:

  my $count = 0;
  foreach my $file (@files)
  {
    $count++;
  }
  return $count;